Действие игры происходят в будущем, в нашем мире появились монстры, называющие себя божественными существами - Арагами. Видимо люди понесли тяжёлые грехи и боги их приговорили к смерти. Но не тут то было, люди никогда не были слабыми существами и они взялись за оружие. Все страны мира объединились в борьбе с монстрами, но перевес оказался на стороне Арагами и мир погиб, весь мир в руинах... До тех пор, пока не появился секретный и таинственный отряд God Eater - убийцы богов, владеющий силой, способной убить бога.